日本脳炎の予防接種は、ワクチンを接種した後に重症ＡＤＥM（急性散在性脳脊髄炎）を発症した事例があったことから厚生労働省の通知を受け、平成17年5月から積極的な勧奨を控えていましたが、現在は新しいワクチンで通常の接種を受けられるようになっています。
平成25年度は、小学1年生と2年生の日本脳炎第1期の積極的な勧奨を行います。
また、「勧奨差し控えによる未接種者への対応」が特例で定められ、平成７年4月2日〜平成１９年４月１日生まれの方は、２０歳未満の間、日本脳炎の定期予防接種を受けることができるようになりました。